Sveti Otac Ivan Pavao II. od samoga početka pontifikata zalagao se za mir, oprost i pomirenje te dijalog s drugima.
Dva dana prije posjeta pape Ivana Pavla II. carigradskom patrijarhu stiglo je prijeteće pismo, koje je potpisao terorist Ali Agça, u kojem je najavio atentat. Svoj je naum izvršio 13. svibnja 1981. godine. U 17 sati i 17 minuta s udaljenosti od 7 metara ispalio je nekoliko hitaca na papu Ivana Pavla II. Papa je pogođen s dva metka i hitno prevezen u bolnicu. Na Trgu svetoga Petra mnoštvo, koje je taj dan došlo sudjelovati na svečanoj audijenciji, plakalo je i molilo se za njega. Teško su ranjene i dvije žene koje su ipak preživjele ranjavanje.
Policija je svladala atentatora, koji je osuđen na doživotni zatvor. Nakon atentata počele su kružiti priče o tome tko stoji iza tog zločinačkog čina jer se sumnjalo da Agça nije bio sam.
Nakon kratkog oporavka, papa je posjetio 1983. godine svog napadača u zatvoru. Oprostio je atentatoru, a zrno kojim je pogođen dao je umetnuti u zlatnu krunu Gospe fatimske, čime jpj se zahvalio jer mu je spasila život. Naime, atentat se dogodio upravo na dan kad se spominjemo tog događaja.
Papa je zamolio talijanskog predsjednika Ciampija za Agçino pomilovanje i ovaj je na kraju doista pušten iz talijanskog zatvora. Papa je bio u kontaktu s Agçinom obitelji. Sastao se s njegovom majkom, a kasnije i s bratom. Za vrijeme Papine bolesti, Agça mu je poslao pismo s dobrim željama. Kada je papa umro, njegov je atentator izrazio duboko žaljenje.